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2024年5月22日  整理了一些gmx常用命令，比较具有个人色彩，但是是通用的。可以以此为基础，根据自己的实际需要建立属于自己命令库

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2024年5月14日  关于大家对理论基础的不感兴趣以及只想关心软件操作命令那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出如有愿意也可一同

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2022年6月7日  81K GMX是德国最大的电子邮件服务提供商之一，登录时可能出现问题。如果你有问题，我们会告诉你怎么做。 Login to GMX: 登录到GMX邮箱

GROMACS的安装方法（含全程视频演示） 思想家公社的

2019年1月2日  注：GROMACS通常在Linux下运行，本文只讲在Linux下的编译和安装方法。GROMACS在Windows下也照样可以完美编译和运行，参见《GROMACS的原生Windows版的编译和安装

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2015年6月2日  gromacs里面人为固定坐标有三大类方式：restraint、constraint和freeze，有各自的特点。 限制(restraint) 包括位置限制(也就是常说的正式MD前首先要进行的限制性动力学)，角度限制，二面角限制，方向限制，距离限制。

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2024年5月24日  文章浏览阅读69k次，点赞26次，收藏66次。因为我觉得GROMACS官方英文教程和李继存老师的GROMACS的中文教程对于新手非常不友好，并且有很多细节的地方并没有详细说明，导致有很多困难的地方。这里记录一下自己成功的实验案例。书接上回，我们做完了GROMACS Tutorial 1，想必已经对基本操作有了足够

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2022年6月9日  各位老师好！我一般在电脑上一次跑两个gmx任务，但是感觉速度比预期的要慢，想问下是不是我的操作有问题，应该再加一些限制？（比如pin什么的，因为我每次跑两个任务，是 ,计算化学公社

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本系列教程针对的群体：非计算化学专业，而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。比如我本人当时在一个抗体工程实验室，之前从未接触过计算化学相关，甚至没有编程基础，课题组里面没有人接触过计算化学，也没有任何能讲授相关背景知识的人，但导师需要在一周到两周

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哪位大神能举个计算径向分布函数的例子，用到哪些命令以及文件。感觉看了那个说明书还是不会计算这个径向分布函数，出不了图。跪求命令和例子。,计算化学公社

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排除了一大堆编译bug（此处感谢@Chris——szk，我最后直接暴力全改MT了 ），终于在MSVC 17 2022下，基于fftw 3310，cuda 118编译出了gromacs 20224 gpu版，欢迎各位 ,计算化学公社

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